Logo Universitas Fajar mengandung makna sebagai berikut :
- Bejana sebagai perlambang isi IPTEK, seni dan budaya bermanfaat yang diberikan kepada keluaran / alumni, berwarna biru laut berbingkai kuning dan biru sedang perisai menjadi perlambang isi bejana yang akan menjadi perlindung dan penjaga dalam mengabdi
- Topi sebagai symbol kecerdasan / intelektual berwarna hitam.
- Lima kelopak bunga teratai berwarna putih sebagai symbol prinsip dasar negara Indonesia, yaitu Pancasila.
- Pita berwarna kuning emas bertuliskan UNIFA sebagai symbol pemersatu lahir-batin yang mengakhiri kegelapan menyongsong menyingsingnya fajar menyusul terbitnya matahari.
- Matahari penuh berwarna kuning emas sebagai symbol pemberi sumber kehidupan bersifat universalisme / menjagat bagi kehidupan makhluk Allah SWT.